Những ngày đầu mới khôi phục sân bay Điện Biên chỉ hoạt động rất thưa thớt chỉ có khoảng từ 6 lần chuyến một tuần với khoảng trên 10 ngàn hành khách/năm. Năm 1998 nâng lên 10 lần chuyến một tuần với khoảng trên 20 hành khách/năm và từ năm 2004 trở lại đây hoạt đông hàng không nâng lên đều đặn 4 lần chuyến bay thương mại một ngày. 
 
Ngoài phục vụ thương mại Cảng hàng không Điện Biên còn phục vụ nhiệm vụ chính trị đảm bảo an ninh an toàn tuyệt đối cho các chuyến bay chuyên cơ, ưu tiên, chuyến bay quân sự của cán bộ Đảng, nhà nước và các khách ngoại giao lên thăm và làm việc tại tỉnh Điện Biên.
 
Chất lượng dịch vụ ngày càng nâng cao, trật tự an toàn trên địa bàn Cảng hàng không được đảm bảo. Sản lượng khai thác năm 2014: phục vụ 1.532 lần chuyến bay; vận chuyển 81.564 lượt hành khách.
 
Hiện nay, Công ty VASCO trực thuộc hãng hàng không quốc gia Việt Nam (VietNam Airlines) đang tham gia khai thác đường bay Hà Nội - Điện Biên - Hà Nội với tần suất 4 lần chuyến/ngày.