Năm 1994, năm kỷ niệm 40 năm chiến thắng lịch sử Điện Biên Phủ, đường bay Hà Nội – Điện Biên – Hà Nội được khôi phục trở lại, Cảng hàng không Điện Biên đưa vào khai thác với đường băng ghi nhôm dài 1.400km. Năm 1996, Cảng hàng không Điện Biên được đầu tư xây dựng đường hạ cất cánh dài 1.430km, rộng 30m được đổ bê tông, sân đỗ tàu bay có 2 vị trí đỗ. Năm 1998 Cảng hàng không Điện Biên được nâng cấp, kéo dài thêm 400m đường hạ cất cánh. Năm 2004, năm kỷ niệm 50 năm chiến thắng lịch sử Điện Biên phủ, Cảng  hàng không Điện Biên được đầu tư mở rộng sân đỗ máy bay diện tích 12.000m2 đảm bảo cho 03 vị trí máy bay đỗ. Nhà ga hành khách với diện tích sử dụng 2.500m2, đủ năng lực phục vụ 2 chuyến bay ATR72 tương đương với 150 hành khách/ giờ cao điểm.
1. Đường cất hạ cánh (CHC):
Cảng hàng không Điện Biên có một đường CHC, chiều dài 1830m, rộng 30m.
- Hướng địa lý của đường CHC: 1580-3380
- Ký hiệu đường CHC: 16/34
- Tọa độ ngưỡng đường CHC 16: 21024'18.8412N -103000'07.7664E (hệ WGS - 84)
- Tọa độ ngưỡng đường CHC 34: 21023'24.4777N -103000'33.5894E (hệ WGS - 84)
- Mặt phủ của đường CHC:  Bê tông xi măng
- Sức chịu tải của đường CHC : PCN 20/R/C/Y/T (đáp ứng cho các tàu bay từ loại ATR72 và tương đương trở xuống).
- Đoạn dừng (SWY): Không có
- Đoạn trống (CWY):
+ Đầu đường CHC 16: 168m x 110m
+ Đầu đường CHC 34: 200m x 110m
- Dải bảo hiểm sườn: bằng đất nện, có kích thước 1830m x 40m (mỗi bên)
- Dải bay (RWY STRIP): 1950m (1830m+60m+60m) x 110m
- Sân quay: 02 sân quay tại đầu đường CHC 16 có diện tích 787,5mmỗi sân, kết cấu bằng be tông xi măng M300/40 dày 24cm.
2. Đường lăn:
Cảng hàng không Điện Biên có 2 đường lăn vuông góc với đường CHC và nối liền đường CHC với sân đỗ tàu bay.
 - Kích thước: 54m x 15m
 - Kết cấu: Bê tông xi măng
 - Sức chịu tải:  PCN 20/R/C/Y/T
3.Sân đỗ tàu bay:
Cảng hàng không Điện Biên có 01 sân đỗ hình chữ L
 - Có 03 vị trí đỗ tàu bay:  số 1, số 2 và số 3
 - Kích thước: 120m x 60m x 72m x 91m
 - Mặt phủ: bê tông xi măng (cấu trúc tương tự đường CHC)
 - Sức chịu tải:  PCN 20/R/C/Y/T (đáp ứng cho các tàu bay từ loại ATR72 và tương đương trở xuống).