1. Ban Kiểm soát
  2. Ban Thư ký Tổng công ty
  3. Văn phòng Tổng công ty
  4. Văn phòng Đảng - Đoàn
  5. Ban Tài chính - Kế toán
  6. Ban Tổ chức - Nhân sự
  7. Ban Khai thác Cảng
  8. Ban An ninh
  9. Ban An toàn - Kiểm soát chất lượng
  10. Ban Kinh doanh - Phát triển thị trường
  11. Ban Kế hoạch
  12. Ban Xây dựng cơ bản
  13. Ban Pháp chế - Kiểm toán nội bộ
  14. Ban Điều hành dự án Cảng HKQT Long Thành
  15. Ban Kỹ thuật Công nghệ - Môi trường